После выхода из игры пропадают все значки на рабочем столе и вообще в винде, ставишь в настройках раб стола 16 бит цвет, значки появляются. Может кто сталкивался с этим?

Сталкивался иногда. Правда, у меня ярлыки не пропадали, но сбивались многие установленные значки. Лечил запуском диска с Фоллаутом. После появления и закрытия экрана установки игры все значки восстанавливались.
Предположительно, как еще один вариант решения проблемы - запуск игры в режиме соместимости с 95-98 Виндой.

Совместимость стоит, видимо никак не лечиться или переустановкой винды..