Если собрать все чемоданы, получаешь перк, который дает +3% к Науке, Легкому оружию и Взлому. Однако если стоит третье дополнение "Искореженная сталь", которая дает возможность развить персонажа до 30 уровня, этот перк не очень то и нужен. К 30 уровню почти все характеристики можно развить до 100%. Чемоданы же расположены так: 4 в первом задании, 4 во втором и 2 в последнем.
Здесь более подробно расписано.