Почему? В открытую никого не убивал там...Прохожу за военных, Вахтанга заколол до смерти суперстимами и вышел без проблем, но при повторном заходе бандиты начинают стрелять. Или это как то связано с тем что я убиваю бандитов при рандомных встречах на карте?

Хороший вопрос.
1) Земля слухами полнится, поэтому как только тебя официально приняли в военные (читай, у тебя появилась соответствующая карма) — бандиты начинают атаковать.
2) Чем больше бандитов ты наубивал, тем больше вероятность, что один из бандитов об этом знает, и, увидев тебя, он начнет атаковать. Конечно же, его друзья поблизости к нему присоединятся.

Эти правила действуют для сталкеров, бандитов и военных.

Щас проверил
Если Вахтанга заколоть суперстимпаками даже просто так, еще не будучи воякой, бандиты на свалке все равно начнут мочить, сразу как заметят