На озере, западнее Ривервуда, есть развалины крепости, э-э-э, Глубины Иллинаты — так кажется называется. На карте видны два входа, один вполне доступен, а второй, похоже расположен на вершине башни. Как туда попасть?

Тот что на башне — это выход с другой стороны локации "Глубины Иллинаты". Тут такое часто встречается, когда у одной пещеры два входа, вначале и в конце, видимо чтобы не утомлять игроков необходимостью возвращаться к выходу после зачистки локации.

В том то и дело, что подземелье закольцовано, второго выхода на карте не увидел. Снаружи, входы называются по-разному — воды и глубины, что может намекать на разные помещения.

Ты что-то путаешь, в последнем зале на троне сидит скелет, рядом лестница, которая ведет на ту самую башню. И вообще, это квестовое подземелье. Связано с квестом Азуры. И да, внутри оно разбито на две локации, которые сообщаются. Ты видимо не нашел дверь во вторую часть.
Так как левитации в игре нету, на башню можно попасть только изнутри второй части затопленного подземелья. Ну или попробовать спрыгнуть со скалы со смертельным исходом.

Странно... Не припомню скелета на троне. При входе был скелет рыбака в кандалах, их ещё отперёть можно было... Из врагов — чернокнижники и их слуги (у меня скелеты). Некоторые комнаты затоплены. Гм, может какую секретную дверь не заметил, или квестовые комнаты спрятаны?

Дверь, которая ведет во второе подземелье не спрятана. Когда подойдешь к ней как раз и должно высветиться название той второй локации, которую ты видишь на карте.
Но я ходил туда по квесту Азуры. Может проблема в том что ты квест не взял, но это очень маловероятно, потому как я там тоже поначалу немного запутался, не знал как дальше пройти. Скорее всего ты просто не нашел ту дверь.
Причем эта дверь прямо перед носом. Заходишь во второй зал (сразу после зала со скелетом рыбака), там по наклонной колонне (она справа) поднимаешься наверх. Идешь прямо, но не поворачиваешь в проход который справа (тогда сделаешь круг и вернешься к выходу), а проходишь дальше, и находишь эту дверь.

Перепроверил (всё равно надо было хабар вытаскивать :) ) — нету там двери в другую локацию, видимо квестовая.