По-порядку:
1) Присутствие Братства Стали во второй части выражено не так ярко, как в первой: их главная база бункер Лост-Хиллз осталась на далёком Юге; здесь же мы находим три наблюдательных поста в Дыре, НКР и Сан-Франциско. Лазутчики Братства ведут наблюдательную деятельность и не ввязываются в конфликты местных жителей (в принципе, и раньше не особо ввязывались).
2) Никаких.
3) Насколько мне известно, низзя =( Френки со своими ребятами всё равно прикончат брата Мэтью.
4) По идее, никак.
5) Насчёт чертежей... Тут многовариантность дать откопировать Мэтту, после чего безвозвратно отдать Ши (а именно доктору Вонгу). Если сразу отдать Вонгу, то Мэтт их уже не получит. Если дал чертежи Ши, то ракетотехник хабологов, Гарри, попросит их выкрасть (кстати после этого можно вручить их Мэтту, если раньше не отдал последний шанс, он такой =)). Если же отдал чертежи Гарри, то украсть попросит советник Кен Ли. Что интересно, опыта за доставку/кражу для/у хабологов/Ши даётся одинаково 5000. Токмо если будешь помогать хабологам карма понизится на 20 очков, а китайцам поднимется на столько же. Более подробно эти квесты описаны на сайте Убежище. Вот ссылочки:
Хабологам нужны чертежи винтокрыла из Наварро
http://ru.fallout.wikia.com/wiki/%D0%A5%D0...%80%D1%80%D0%BEШи необходимы чертежи винтокрыла из Наварро
http://ru.fallout.wikia.com/wiki/%D0%A8%D0...%80%D1%80%D0%BEУкрасть чертежи винтокрыла у хабологов
http://ru.fallout.wikia.com/wiki/%D0%A3%D0...%B3%D0%BE%D0%B2Украсть чертежи винтокрыла у Ши
http://ru.fallout.wikia.com/wiki/%D0%A3%D0...83_%D0%A8%D0%B86) Винтокрылы в концовках не упоминаются. Однако хабологи погибают при любом раскладе. Более подробно:
http://ru.fallout.wikia.com/wiki/%D0%9A%D0...D0%B8_Fallout_2