Насколько я знаю, кроме как через Ферму Призраков воду бедным горожанам Модока недоставить.
Тогда зачем колодец? Только для соберания чужих желаний?

Понятное дело, если организуется даже самое маленькое поселение (один-два дома, а может быть кибитки, палатки...), поселенцам нужен источник воды, если его нет поблизости, то роется колодец. Однако, со временем вода в колодце могла пересохнуть и он стал чем-то вроде местной достопримечательности. Как-никак одно из самых первых капитальных строений, да к тому же сохранившееся со времен дедушек-прадедушек! Типа: "У этого колодца дедушка признался в любви бабушке, а через несколько дней они обвенчались в церкви по-соседству!"
А, вообще, не судите строго дедушку Fallout за нестыковки!

Воистину.
Вот только если колодец рыли для воды, зачем в нем туннели в трех направлениях?

Да, но Джонни сбежал по туннелям колодца а потом туннель завалило, а как известно Джонни мы находим на подземном озере Фермы призраков. колодец похоже завалили "Фермеры" чтоб меньше лазили, соответствующе перекрыв поставку воды от озера к Модоку, вот колодец и сухой

по поводу трех тунелей- начали горожане копать колодец, наткнулись на водоносный пласт. Ну а где вода-там и пустоты (уровень грунтовых вод сезонно меняется ) А те кто колодец копал их расширили-может чтоб вода быстрее накапливалась. Тунель до подземного озера могла пробить вода, образавав тем самым подземную реку . Наступила засуха -река высохла,-вот и тунель, по которому решил прогуляться Джонни

Тоже неплохая гипотеза:)

Про завал должно быть верно. Так как в колодце виднеется струйка воды тихо сочащейся из камней (и по моему это оригинальноее изображение родника). Я по простоте душевной динамит туда подкладывал в попытках помоч модоку.