У меня была слишком большая скорость передвижения по карте и я её замедлил с помощью патча для смены разрешения, но встречи в пустыне всё также очень редко встречаются.
А комунибудь помогал этот патч?

Я ставил патч WorldMapPatcher - он уменьшает скорость передвижения и увеличивает частоту случайных встреч. Но не жди, что ты полшага не ступишь без энкаунтера - это тебе не тактикс.