Какая версия игры? Русская 1совская вроде как неподдерживает больше 11 чтоли модов через fallout.ini
Была такая же проблема, только многие моды тупо неработали, как их непрописывай. В итоге посоветовали использовать Fallout Mod Manager ( скачать можно
тут инсталла не требует, но возможно требует Net framework )
так как стандартный лаунчер кривой и глючный.