Очень интересно узнать как именно влияют на поведения все эти пункты?
и как оптимальнее всего их выставлять?

Оптимально — в зависимости от соратника. Вик и Кэссиди — снайперы, настройки соответствующие, Сулик — ближний бой и т. д. Роботу можно все что хошь прописать. Иногда настройки самопроизвольно сбрасываются (впрочем, возможно оно лечится какими-то патчами, не знаю), поэтому их периодически нужно проверять. Лично я в большинстве случаев использую настройки по умолчанию. Меняю редко и, в основном, лишь указываю кого атаковать.

Вообще-то там вроде все и так понятно:
Очередью — отвечает за применение режима стрельбы очередями (можно выставить так что бы напарник использовал только одиночные выстрелы, можно что бы стрелял аккуратно или наоборот что бы палил ни о чем не заботясь, в этом случае велик шанс что он продырявит не только противника, но и вас, если окажетесь на линии огня).
Бегство — отвечает за то, как скоро напарник переходит к отступлению (он может отступать только когда его жизнь под угрозой, а может бежать от любой опасности).
Оружие — насколько помню отвечает за приоритет в использовании оружия (например использовать только огнестрельное оружие или огнестрельное, а затем холодное, в случае если боезапас закончится или противник подойдет вплотную).
Дистанция — отвечает за то, какой дистанции напарник будет придерживаться относительно вас или противника (он может например держатся к вам поближе или стараться отстреливать противника издали, в этом случае при приближении противника он будет по возможности отбегать от него для поддержания дистанции).
Кого атаковать — отвечает за выбор противника для атаки (тут все просто, если поставить атаковать самого слабого, то напарник каждый ход будет выбирать того у кого меньше всего НР и атаковать его, если поставить атаковать ближайшего, то аналогично каждый ход он будет выбирать того кто находится ближе всех и атаковать его).
Наркота — отвечает за применение стимуляторов (все просто, если у напарника в инвентаре имеются стимуляторы, то он будет их принимать в определенных ситуациях, правда не помню касается ли это стимпаков).

Стоит отметить что у разных напарников разные возможности по настройке, так собакам нельзя настроить режим Очередь потому что они просто не способны стрелять, по той же причине и настройка Оружие у них ограничена, ведь ничем кроме рукопашных атак они не владеют, а например у Мирона ограничены настройки Бегство и Наркота, он трус и боец из него никакой, поэтому он постоянно жрет стимуляторы и бежит от любой опасности. Учитывая все это я думаю становится понятно что одной оптимальной настройки не существует, каждого персонажа надо настраивать индивидуально и именно так, как вам это нужно. Хотя некоторые рекомендации все же можно дать:
1) Осторожней с режимом Очередь, если не хотите получить очередь скажем из PJ в спину, а Маркус так вообще способен пройтись по группе очередью из Бозара, что некоторые члены команды могут и не пережить.
2) Стоит обратить внимание на режим Бегство, его пожалуй лучше выставить так что бы напарник все же воевал, а не бегал от противника.
3) Режим Дистанция тоже важен, так например как я уже говорил если поставить стрельбу издалека, то может получится так что напарник только и будет делать что бегать от противника стараясь держать дистанцию.
4) Наркота — тоже важная настройка, ей стоит уделить внимание если вы не хотите глянув в рюкзак напарника обнаружить что он сожрал все стимуляторы что вы ему отдали на хранение.

Запретить Маркусу стрелять очередью совсем нельзя, а вот запретить стрелять по своим — можно. Я об этом говорю