Собственно вопрос — есть ли разница между честно вкачанной харизмой и поднятой при помощи заклинания? В первую очередь интересуют диалоги — много ли веток я потеряю, если обойдусь одними заклинаниями?

Много ли веток потеряешь — это сложный вопрос, да и зависит от некоторых других параметров, как Интеллект, Мудрость и др.

- точно будет зависеть отношение сопартийцев;
- конечно, будут зависеть ветки диалогов с прочими неписями;
- возможности искусства воровства и некоторых других;
- также в игре имеется несколько ключевых поворотов сюжета, которые могут зависеть от пунктов Харизмы.

Значения поднятые магией должны влиять, но только на период дейтсвия заклятия.

Помнится, харизму качала только лишь для того, чтобы уломать Тухлую Мэри сопроводить к Молчаливому Королю. В прохождении было сказано, что надо прокачать > 16. Но по какой-то причине так и не получилось к нему попасть таким образом. Пришлось использовать второй вариант, а именно прорываться силой сквозь охрану. Т.к. ссориться с мертвяками не хотелось, загрузила предыдущий сейв.

Нет.

В BG и Icewind Dale "естественность" харизмы была необязательна, во всех известных мне играх сделаных по тройке тоже. Думаю, что и в Пленскейпе так же.