Проблема такова, что после случайной встречи ранг и карма у персонажа упали, а заметил я это только после выхода из локации и пересохранения. Сейва пораньше нет, только один. Как теперь можно исправить ранг с кармой? Ни одного редактора, способного сделать это, я не нашел

И таки действительно нет способа такое исправить.
Можно лишь проходить игру дальше и снова наращивать ранг. Карма имеет значение только для финального ролика, что обычно можно приравнить к нулю и выбросить.

Как вариант — отредактировать одну из непосещенных еще миссий и увеличить награду очками репутации за ее окончание. Искать в триггерах миссии.
Само собой, понадобится ознакомиться с FT Tools.

Ну вроде бы карма ещё влияет и на цены в бункерах.

На цены влияет ровненько скилл бартера.
Отлично помню, как опустил себе карму в резкий минус убийством неписей на какой-то локации (как бы это не пешие всадники апокалипсиса оказались), и никакого изменения цен в бункере после этого не увидел. Вообще никаких последствий.

Как вариант, чтобы ответ был абсолютно полным, можно сказать, что ранг героя влияет на набираемых рекрутов. уменьшив им соответственно звание, можно лишиться всех возможных проблем. :)
П.С. А что за локация то была, не помню, чтобы где-то ранг уменьшали.

Любая локация с большим количеством мирных (нейтральных) персонажей. Например, можно гойсать по пустыне в поисках ситизенов, которые в инвизе толпами ходят. Или вырезать городки типа Колдуотера. Только народ подсказывает, что эффект все равно минимален.

Помню, что "четыре всадника" — мирные (есть подозрение, что падение репутации и кармы зависит от нанесенного дамага, а не от числа жертв, так что на всадниках "опускаться" проще всего). Точно так же, как всяческие "1337тисты", люди-батарейки (просят убить, а делать этого не надо) и робот, их охраняющий. В таком вот аксепте.

Даже с торговцами ссориться нежелательно (а кому ж не хочется на халяву все получить с трупов).

Спасибо за подсказку, проблему решил.
Методом тыка установил причину потери репутации и количество, нужное для исправления этого. Странно, что для восстановления -100 репутации, пришлось добавить 300.
А потерял по тупости :( В 3 миссии случайно зацепил пленного дикаря — так он сам открыл клетку(!) и дрался на стороне своей захватчицы(!). Что с ним делать я не знал, поскольку он бегал за отрядом по всей карте и дрался, а убивать не хотел. В итоге доктор лечил его стимуляторами, а двое других пытались переломать ему ноги гаечными ключами, чтобы не бегал. В конце миссии сняли 100 репутации за то, что не освободил его

В качестве небольшого оффа. :)
Про локацию я не много не так выразился, не берите на свой счёт. :) Я имел в виду звание, есть ли те, где оно понижается и надо трогать рекрутов, чтобы добиться "справедливости". По карме всё понятно, стоит только ещё Неоткрываемый Бункер упомянуть, неизвестно, насколько он понижает.
Zoxia, что Вы хотели, извращённый секс это такая штука, может понравиться. Вот дикарь, похоже, и проникся после Вашего попадания. А вообще, метод с ключами интересен, сам использовал бы либо наркотики, либо подставил его под очередь вражескую.